1、促进贸易自在化。货物贸易自在化通过降税模式的确定、原产地制度的确定和非关税措施的采用，有效消除贸易障碍，简化通关手续，免除检测和测试的重复等，推动货物贸易自在化，促进各国进步。
2、推动地区进步。服务自在化中国—东盟自在贸易区服务自在化的基本规则是在WTO服务贸易总协定范围的基础上，进一步加强彼此间服务合作，减少服务业贸易限制，在服务业自在化的深度和广度方面有所拓展。中国与东盟民族可以适当放宽服务贸易限制，特别是加强旅游服务、分销服务、商务服务方面的合作，对金融、保险和电信等服务业将按照GATS规范和WTO承诺稳步推进。
中国—东盟自在贸易区服务贸易的规定大致包括：国民待遇、最惠国待遇、非歧视待遇、设立营业处的条件、数量限制、保留条款和限制条款等。由于电信和金融是比较敏感的服务部门，在协议内容中，可以参照NAFTA单独对金融和电信列出产业附则和承诺清单。
3、投资便利化。促进区域内资本流动和增强区外FDI的吸引力是中国—东盟自在贸易区投资框架协议的目标。中国和东盟将在增加投资制度和管理的透明度、建立有利于资本自在流动的投资制度等方面加强合作。中国与东盟自在贸易区投资协议适用范围为直接投资、投资限制与股权规定受各国国内投资相关法规约束。投资自在化的进程要较APEC《茂物宣言》提出的目标提前。
自在贸易区可能给外资带来的利益大致包括两方面：一方面，对于市场型投资，建立自在贸易区无疑扩大了外贸企业的市场，在任何成员国投资的企业都能以较低成本进入成员国的市场；另一方面，进步了关联度高的产业资源整合能力，外资企业可在自在贸易区内配置企业资源，降价生产成本。
为了增强自在贸易区对外资的吸引力，自在贸易区投资框架协议除了在透明度、对外资在股权限制、本地含量要求、出口业绩要求以及利润汇出等方面放松限制，还应为区域内技术流动、资本流动和专业技术人员流动提供便利。
参照东盟投资区框架协议（AIA），为促进区域内投资自在化，中国—东盟自在贸易区在2010年前对区域内所有成员国的投资者适用国民待遇规则，并向成员国开放所有产业，2020年起适用于所有投资者，并推动资本、熟练工、专家及技术的自在流动。为保护民族安全及公共道德、人类、动物、植物的生活或健壮及保障个人隐私权等可列入全面例行清单。农业、林业、渔业及矿业等可列入暂时例行清单，于2005年前开放，对于新东盟成员给予适当时刻宽限。金融、电信、公共服务等可列入敏感清单，依WTO承诺逐步开放市场。
